Die Javasee ist zentral gelegen und im Süden über Meerengen, wie die Sunda- oder Lombokstraße, mit dem indischen Ozean verbunden. Von der Celebessee zieht die Straße von Makassar in die östliche Javasee und die Floressee, die an die Bandasee mit den Molukken angrenzt. Weitere kleinere Meeresgebiete liegen südlich. Über dem indonesischen Teil der Insel Neuguinea liegt im Norden der Pazifik und südlich in Richtung Australien die Arafurasee und weiter westlich die Timorsee.
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